W roku 1988 Sandoval otrzymał propozycję dołączenia do death metalowej grupy Morbid Angel. Pete wyraził zgodę, co przyczyniło się do rozpadu Terrorizer, z którego niedługo potem odszedł również Jesse Pintado (muzyk zdecydował się odejść do Napalm Death). Wraz z Morbid Angels Pete Sandoval występuje do dziś. Zespół uznawany jest za jeden z najpopularniejszych z gatunku death metalu. Nakład sprzedanych płyt grupy przekroczył milion sztuk.Ponadto artysta uważany jest za jednego z prekursorów blast beats - rytmów używanych w ekstremalnych podgatunkach metalu. Jako jeden z pierwszych perkusistów wykorzystał też triggery perkusyjne.
W roku 2010 Pete poddał się operacji kręgosłupa przez co przez ponad rok nie mógł realizować się zawodowo. W grudniu 2011 roku ogłosił swój come back powracając do pasji i Morbid Angels.