Michael Stephen "Mike" Portnoy urodził się 20 kwietnia 1967 roku w żydowskiej rodzinie w Long Beach w Nowym Jorku. Z muzyką obcował od najmłodszych lat przez pasję i zawód swojego ojca – DJ’a w lokalnym radiu. Choć w praktyce samodzielnie opanował grę na perkusji, to teorii nauczył się w szkole średniej. W tym czasie grywał w lokalnych zespołach, a z dwoma z nich – Rusing Power oraz Inner Sanctum - nagrał niezależne albumy.

Pod koniec nauki w liceum Michael wygrał stypendium i dołączył do Berklee College of Music w Bostonie. Tam poznał Johna Petrucciego i Johna Myunga, z którymi stworzył zespół Majesty (wkrótce nazwany Dream Theater). Trio niedługo potem zrezygnowało z edukacji w Barklee. W roku 1987 do zespołu dołączył Kevin Moore. W ten sposób uformowała się grupa łącząca brzmienie hard rocka, heavy metalu i rocka progresywnego. Przez lata artyści inspirowali się Rush, Yes, czy Iron Maiden. Często określa się ich jako przedstawicieli metalu progresywnego. Do roku 2010 w skład zespołu wchodzili Portnoy, JamesLaBrie, John Myung, John Petrucci i Jordan Rudess. Lata pracy i prezentowania swojego unikalnego talentu zaowocowały zdobyciem wielu nagród. Portnoy zdobył dwadzieścia sześć nagród w magazynie „Modern Drummer”, ponadto jest drugim najmłodszym perkusistą (tuż po Neilu Peartcie) dodanym do Modern Drummer’s Hall of Fame. W roku 1994 zdobył nagrodę „Best Up&Coming Talent”, rok później zdobył miano „Najlepszego Perkusisty Progresywnego Rocka do roku 2006”. W roku 1995 otrzymał nagrodę „Best Recorded Performance” za utwór „Awake”, rok później za „A Change of Seasons”, w roku 1998 za „Falling into Infinity”, w roku 2000 – „Metropolis Pt. 2: Scenes From A Memory”, dwa lata później – „Six Degrees of Inner Turbulence”, w 2007 za „Score”, zaś w 2011 – „Nightmare”. Portnoya nagrodzona podwójnie nagrodą „Best Clinician” w roku 2000 i 2002. W roku 2009 Mike uplasował się na piątym miejscu listy „50 najlepszych perkusistów wszechczasów” wg „Rhytm Magazine”. 14 czerwca 2010 w jego ręce trafiła statuetka “Metal Hammer Golden God” za najlepszego perkusistę. Tego samego roku otrzymał miano najlepszego perkusisty rocka progresywnego w „Drummies Award”. W czerwcu 2011 na Facebooku pojawiła się informacja o jego wygranej w rankingu „DRUM! Magazine” za najlepszego perkusisty roku oraz o „Metal Drummer Award”.Jako jeden z najlepszych odtwórców metalu i rocka progresywnego zaangażowany był przez lata we współtworzenie zespołów oraz realizowanie projektów, m.in. Transatlantic i Liquid Tension Experiment. Ponadto jest twórcą trzech filmów instruktażowych – „Progressive Drum Concepts”, „Liquid Drum Theater” (nagrodzonego przez Modern Drum Magazine) oraz „In Constant Morion”.

We wrześniu 2006 roku za pośrednictwem swojej strony internetowej Mike z radością oświadczył, że miał okazję poznać swojego idola z lat młodości – Neila Pearta.

„Neil i ja wreszcie poznaliśmy się i spędziliśmy ze sobą trochę czasu w tym tygodniu. Spędziliśmy świetnie czas!”

8 września 2010 roku Portnoy ogłosił, że żegna się z Dream Theater.

„Dream Theater zawsze było moim dzieckiem, które wychowywałem każdego dnia i poświęciłem mu każdy moment mojego życia od roku 1985. 365 dni w roku, 24 godziny na dobę. Nigdy nie odpoczywałem i nigdy nie uciekałem od odpowiedzialności (nawet gdy zespół zawieszał działalność). Pracowałem po godzinach, przekraczając poczucie obowiązku jakie odczuwałby każdy rozsądny człowiek wobec zespołu. Jednak doszedłem do wniosku, że Dream Theater zaczęł mnie wypalać i naprawdę potrzebowałem odpoczynku od zespołu, aby uratować moją relację z członkami grupy i utrzymać ducha Dream Teather złaknionym i zainspirowanym. Przez ostatnie dwadzieścia lat byliśmy w niekończących się trasach koncertowych, sesjach nagraniowych oraz procesach pisania tekstów, a ja nie opuściłem żadnego aspektu w tym czasie. Okres paru miesięcy odpoczynku od siebie zarówno teraz, jak i przed laty był bardzo pomocny i potrzebny. Miałem szczerą nadzieję, że zespół zgodzi się ze mną w sprawie odpoczynku i przerwy w celu naładowania baterii oraz „ocalenia siebie od nas samych” Niestety, koledzy nie podzielili moich uczuć i zdecydowali kontynuować współpracę beze mnie. Zaoferowałem nawet by popracować przez cały 2011 rok, wbrew moim wcześniejszym pragnieniom, jednak to nie wystarczyło.”

W grudniu 2010 roku Portnoy wyraził chęć powrotu do zespołu, gdyż Avenged Sevenfold nie wykorzystywało go już jako perkusisty. Niestety na miejsce Mike’a w Dream Theater przyjęto już Mike’a Manginiego.

„Zaproponowałem chłopakom, byśmy postarali się i zmienili dotychczasowe postanowienia, w celu pojednania się i przywrócenia spokoju w naszych życiach (poza tym wiedziałem, jak wiele znaczy to dla naszych fanów!) Zdałem sobie sprawę, że wciąż możliwe są starania i uratowanie nas, ponieważ nie ogłosili jeszcze niczego publicznie, ani nie poczynili żadnych działań z nowym perkusistą. Jednak niestety, odrzucili moją oferę (właściwie, to ich prawnik odrzucił). Starałem się, jednak drzwi są już zamknięte. Piłka jest teraz po ich stronie boiska, nie po mojej.”

Wkrótce Portnoy rozpoczął pracę nad dwoma projektami muzycznymi – „Adrenaline Mob” z Russellem Allenem, Mikem Orlando, Richem Wardem i Paulem Dileo oraz „Flying Colors” z Nealem Morsem, Stevem Morsem, Davem LaRue i Casey McPhersonem. W sierpniu 2011 roku Adrenaline Mob wydało debiutancką EPkę. Pierwszy krążek Flying Colors ukazać się ma w roku 2012, podobnie jak pełne wydanie płyty Adrenaline Mob. W sierpniu tego samego roku w radiu Q104.3 zadebiutował utwór „Hit The Wall”, który poprzedził wywiad z Portnoyem o jego nadziejach na przyszłość dotyczących AM.

W życiu prywatnym Mike jest mężem Marlene, z którą żyje w Upper Saucon Township w Pensylwanii z dziećmi – Melody Ruthandreą i Maxem Johnem.